従業員の方は「調書方式」に対応した金融機関から借入れをされたと思われます。
調書方式とは、調書方式に対応した金融機関等から提供された情報に基づいて、国税局から従業員の方に住宅借入金等の「年末残高情報」を提供する方式をいいます。

つまり、従来のように「金融機関から交付された年末残高等証明書を自分で確定申告や年末調整に添付する」という手続きが不要となりますので、金融機関から年末残高等証明書は発行されません。

適用対象と手続きについては、調書方式の対象となるのは、調書方式に対応した金融機関等から借入れをしている方です。金融機関によって対応状況が異なるため、借入先が対応しているか確認が必要になります。

また、金融機関へ「住宅ローン控除の適用申請書」を提出し、個人番号（マイナンバー）
または e-Tax の利用者識別番号を登録しておく必要があります。

2年目以降、年末調整を通じて控除を受ける場合は、調書方式を使うと添付すべき「年末残高等証明書」が不要になる代わりに、税務署から送られてきた「控除証明書等」を勤務先に提出します。
このとき、提出する「申告書兼控除証明書等」の備考欄に 「調書方式に対応する金融機関からの借入れ」である旨を記載する必要があります。