フレックスタイム制は、労働者が始業・終業時刻、労働時間を自ら決めることによって、⽣活と業務との調和を図りながら効率的に働くことができる制度ですが、コアタイムを設定しているフレックスタイム制では、労働者は、コアタイムの開始時刻から終了時刻までの間は必ず勤務をしなければなりません。つまり、コアタイムの開始時刻までに出勤していなければ遅刻となると考えられます。

フレックスタイム制の適用がない場合、使用者は当然、遅刻した時間分の賃金を控除することができます。
しかし、フレックスタイム制が適用される労働者が遅刻した場合には、直ちに賃金を控除することはできません。

なぜなら、フレックスタイム制では、1日あたりに働いた時間ではなく、清算期間と呼ばれる一定期間内に実際に働いた時間の合計で賃金が計算されるからです。
よって、清算期間内に実際に働いた時間が所定の労働時間（総労働時間）を満たしていれば、コアタイムの開始時刻に間に合わず遅刻した日があっても、賃金を控除することはできません。

実際の労働時間が総労働時間を満たしており、遅刻による賃金控除をすることができない場合でも、就業規則に「正当な理由なくコアタイムに遅刻した場合には減給処分をする」などと規定されていれば、実労働時間とは関係なく、コアタイムに遅刻した労働者にペナルティを与えることができます。
また、就業規則で「遅刻は服務規律違反」と明記してあれば、懲戒処分や人事評価への反映は可能かと思いますが、評価基準を明確に定め、透明性のある評価制度を構築することが求められます。

よって、今回のケースではコアタイムに出社していない時間は遅刻時間として控除することはできませんが、上記のように就業規則に規定することでペナルティを与えることは会社の秩序を維持するためにも有用かと思います。