2025年10月1日から施行される育児・介護法の改正により施行される「柔軟な働き方を実現するための措置等」の「育児期の柔軟な働き方を実現するための措置」とは、以下の通りです。

【育児期の柔軟な働き方を実現するための措置】
事業主は、３歳から小学校就学前の子を養育する労働者に関して、以下５つの選択して講ずべき措置の中から、２つ以上の措置を選択して講ずる必要があります。
なお労働者は、事業主が講じた措置の中から１つを選択して利用することができます。
また事業主が講ずる措置を選択する際、過半数組合等からの意見聴取の機会を設ける必要があります。

★選択して講ずべき５つの措置
① 始業時刻等の変更
　次のいずれかの措置（一日の所定労働時間を変更しない）
　　・フレックスタイム制
　　・始業または終業の時刻を繰り上げまたは繰り下げる制度（時差出勤の制度）

② テレワーク等（10日以上/月）
　一日の所定労働時間を変更せず、月に10日以上利用できるもの（時間単位での取得を可とする）

③ 保育施設の設置運営等
　保育施設の設置運営その他これに準ずる便宜の供与をするもの（ベビーシッター手配、費用負担など）

④ 就業しつつ子を養育することを容易にするための休暇
　一日の所定労働時間を変更せず、年に10日以上取得できるもの（時間単位での取得を可とする）

⑤ 短時間勤務制度
　一日の所定労働時間を原則６時間とする措置を含むもの

なお会社が講じた2つ以上の措置のどちらも、３歳から小学校就学前の子を養育する労働者全員が選択できることが必要です。

御社の場合、フレックスタイム制を選択できる部署に制限があるため、要件を満たしていると言えません。また育児時短勤務の制度を取得できる条件に３歳から小学校就学前の子を養育している従業員が対象となっていない場合は、要件を満たしていると言えません。そのためフレックスタイム制を全部署で選択できるように変更する、育児時短勤務の制度を３歳から小学校就学前の子を養育する労働者全員が取得できるように変更するなどの対応が必要となります。フレックスタイム制を全部署で選択できるようにするのが難しい場合は、そのほかの措置も講じる必要があります。
御社の業務に合わせて講じることができる措置を検討し、法改正に対応されるのが良いでしょう。

★参考：育児・介護休業法 改正ポイントのご案内（厚生労働省）
https://www.mhlw.go.jp/content/11900000/001259367.pdf