御社が身元保証(書)をどのように捉えられているのか、という点で対応は変わるのではないかと思われます。
まず、前提として身元保証書の提出は法律で義務付けられたものではございません。御社が損害賠償の予定をされていないという事ですので、身元保証書については何かがあった時のリスクヘッジや、採用される方が例えば過去や今現在も何らかの犯罪組織の一員でないかどうか、問題ある行動をとる事はないか、そのような確認の為に取られているものと思われます。ですのでその辺りは本人を信用して身元保証はいらないと考えるのであれば省略しても構いませんし、必ず必要であるというお考えであれば回収は必要になるかと存じます。
また、身元保証書を記載してくれる人がいない、という状況はその方の身元保証をしてくれる「親族、パートナー、友人」等が誰もいないという事になります。ましてや外国に住まわれていて、もし何か問題があった時に本人以外に連絡を取る事が出来ない、という状況が果たして問題ないのかという点も懸念として残ります。別途、緊急連絡先として本人以外の連絡先の書類は回収されているのではないかと思われるのですが、その緊急連絡先も誰も記載出来ないという事であれば仮にご本人様がけがや病気で連絡が取れなくなった際に非常に困ることになるかと存じます。
結論として、御社が身元保証書が無くても問題ないと判断されるのであればもちろんそれで問題なく、今後についても身元保証書の提出を求めないとするように変更されても良いかと存じます。ただ、この身元保証書の提出がなければいけないと判断されるのであれば、なぜ身元保証書の提出が必要なのかを説明しご本人様に改めて身元保証書を記載してくれる人がいないか、を改めて確認される事をお勧めいたします。