原則として、今後継続して支給されない残業代は計算の基礎から除外して差し支えありません。
ご質問のポイントは、「1ヵ月目に支給された残業代が、今後も継続して支給される性質のものかどうか」にあります。

月額変更届（随時改定）は、固定的賃金（基本給や手当など）に変動があったとき、その翌月からの3ヶ月間に支給された報酬の平均額をもとに、標準報酬月額の見直しを行う制度です。
今回のケースの判断ポイントは、1ヵ月目に支給された残業代は、「勤務形態が変更される前（通常勤務時）」に発生したものであり、今後の「固定残業代あり」の勤務形態では発生しないという点です。
変更後の形態では発生しないものは、実務上は「一時的な報酬（非継続的な報酬）」とみなされます。したがって、標準報酬月額の計算の基礎からは除外して差し支えありません。

今回のように変更後の形態では発生しないものが支給されていた場合に随時改定の計算の基礎に含めてしまいますと、金額によっては本来の社会保険料よりも多く支払うこととなる可能性もあります。間違った処理を行わないよう、十分注意して改定を行ってください。