労災(業務災害)は労働者の業務上の負傷、疾病、障害又は死亡のことを言います。業務上と認められるためには業務遂行性と業務起因性という二つの要件を満たす必要があります。

今回のケースで業務遂行性としては、昼休憩中の社内にて起こった事故である事から事業主の管理下にあった、と考えることが出来るかと存じます。
次に業務起因性についてですが、事故が社内設備の配置や管理状況に起因する場合に認められると考えられます。例えば、ぶつかった机というのが本来配置されている場所からはみ出していて常に誰がぶつかってもおかしくない状態であったか、本来配置されている場所ではあるが机の形状が特殊で角が出っ張っている状態であったか、あるいは他の社員の方も机の角にぶつかっている事故が発生していたことを認識していたがその状況を改善していなかったか、など会社側が安全管理を怠っていた等の場合は業務起因性が認められる可能性が高くなります。
一方で、机の配置や形状が通常の範囲内であり、事故が労働者の不注意によるものである場合には、業務起因性が認められない可能性もあります。

労災認定の最終判断は労働基準監督署が行いますので、今回のケースではより詳細に状況を確認し、労災申請を実際に行うか労働基準監督署に事前に相談されるのが良いかと思われます。ご質問文に「休憩中なので労災にはならない」という記載がありますが、休憩中であっても労災となるケースはあるという事をお伝えさせて頂くと共に、社内の安全管理や設備の点検も改めて実施されることが望ましいと存じます。