貴社の運用ですと、育児時短就業給付金の支給対象とはなりません。
　実態としては育児時短就業ではあるものの、清算期間における総労働時間を短縮しておらず、精算期間毎に時間控除を行う場合には育児時短就業と取り扱われないこととなります。
　育児時短就業給付金の支給対象とするには、清算期間における総労働時間を短縮して就業し、書面等で条件変更通知を行うことが必要になります。
　
　上記のように特別な労働時間制度の適用を受けている場合には、育児時短就業給付金の対象とならない場合があります。
　従業員の方へ誤った案内をしてしまわないよう、今一度自社の運用が育児時短就業給付金支給の対象となるか確認しましょう。


厚生労働省：育児時短就業給付の内容と支給申請手続
https://www.mhlw.go.jp/content/11600000/001395073.pdf