従業員数が50人以上となった場合に会社がやらなければならない事として
労働安全衛生法上、5つの義務がございます。

①産業医の選任。
②衛生管理者の選任。
③衛生委員会の設置。
④定期健康診断結果報告書の提出。
⑤ストレスチェックの実施、結果報告。

①産業医は、健康診断の結果の確認、職場巡視、従業員との面談、衛生委員会への出席などの実務を行います。
職場巡視は最低でも２カ月に１度は必要です。

②衛生管理者は、職場全体の労働条件、衛生管理、危険管理等を行います。
職場巡視は週に１回以上と義務付けられています。

産業医と衛生管理者は、選任してから14日以内に労働基準監督署へ届出が必要です。

③衛生委員会は、従業員の健康障害を防止するための対策等を実施、審議するのが主な目的
で月１回以上開催し、従業員の意見を聞きながら衛生上の課題等、改善案を話し合います。
委員会を構成するメンバーは、衛生管理者、議長、産業医、衛生に関する知識・経験を有する者、従業員メンバーです。

④定期健康診断結果報告書は従業員が５０名以上になった場合、労働基準監督署へ報告する義務が会社に生じます。

⑤ストレスチェックの実施は２０１５年から義務化されており、従業員のメンタルヘルス確認の為、調査票による調査を行います。調査票から医師等が各従業員のストレス度合を分析し、高ストレスと判定され、従業員が希望した場合は医師による面接指導を行います。

貴社は３分の２以上の従業員の方が在宅勤務をされているということですが、
事業場に従業員の方がほとんどいないとしても、上記の義務は生じます。
仮に全員、在宅勤務者になったとしても、会社は上記の義務を履行しなければなりません。