回答いたします。
固定残業代の削除は、給与面の不利益変更になりますので、
復帰前、事前にその旨を説明して合意形成する必要があります。
給与の減額は労務トラブルが多いため、あらかじめご本人に説明してご納得いただき、
その合意内容を書面で残す等の対応を行ったほうが無難かと存じます。

なお、実質的に残業を行わない勤務であっても、
固定残業代を設定すること自体は問題ありません。