キャリアアップ助成金（正社員化コース）の申請要件の1つとして、「支給申請日において、正社員化後の雇用区分が継続し、離職していないこと」というものがあります。
この「離職」には原因が以下の場合は含まれず、通常通り申請が可能となります。
・本人の都合による離職
・天災その他やむを得ない理由のために事業の継続が困難となったこと
・本人の責めに帰すべき理由による解雇

では転籍はどうかといいますと、これは会社都合による離職とみなされます。
また、上記原因のいずれにも該当しませんので、残念ながら当該社員はキャリアアップ助成金の申請対象とできないこととなります。
ただし解雇等ではないため、当該社員の転籍によって今後のキャリアアップ助成金申請に影響することはありません。