前提として、年末調整にて定額減税を受けることができる方は以下の通りです。
・令和６年分の所得税の納税者である方（居住者に限る）
・令和６年分の所得税に係る合計所得金額が1,805万円以下である方

令和６年6月1日時点で休職していた場合でも、従業員としての身分を失っていないのであれば定額減税の対象者と扱われますので、年末減税においても同様の取り扱いとなります。
ただし、令和６年５月以前より休職しており、令和6年6月1日以後にまったく給与（および賞与）の支給がない場合には年調減税できませんので、ご注意ください。


≪参考≫
「令和６年分所得税の定額減税Ｑ＆Ａ　2-1（注）」
https://www.nta.go.jp/publication/pamph/gensen/0024001-021.pdf