まず第二子に関しましては、厚生労働省の通達「夫婦共同扶養の場合における被扶養者の認定について」に記載の1のとおり、被保険者の年間収入(過去の収入、現時点の収入、将来の収入等から今後1年間の収入を見込んだもの)が多い方の被扶養者とする、とされている為、それらを確認した上で奥様(貴社従業員様)の方が収入が高い場合には、奥様の健康保険の扶養と認定されるかと存じますので、収入確認の為に必要な添付書類を健康保険組合へ確認頂き、申請を行ってください。

　しかし、第一子に関しましては奥様の方が収入が高い場合でも、同じく「夫婦共同扶養の場合における被扶養者の認定について」に記載の3のとおり、主として生計を維持する者が育児休業等を取得した場合、当該休業期間中は、被扶養者の地位安定の観点から特例的に被扶養者を異動しないこととする、とされています。その為、第一子は奥様が育児休業を終了し、復職なさる際にご主人様の扶養から奥様の扶養へ異動することが望ましいでしょう。
　ご主人様の会社様、それぞれの健康保険組合と上記をご確認頂き、適切な措置を行ってください。


厚生労働省：夫婦共同扶養の場合における被扶養者の認定について
https://www.mhlw.go.jp/web/t_doc?dataId=00tc5892&dataType=1&pageNo=1