甲欄で処理していた者が年の途中で当初から乙欄であることが判明した場合、基本的に遡及して再計算を行い差額徴収する必要がございます。
乙欄である者を甲欄で計算した場合、本来より少なく徴収していることになりますので、差額の納付が遅くなった場合は不納付加算税や延滞税が発生する可能性もあるため早めに修正するようにしましょう。
この場合、貴社での年末調整は行わず、また源泉徴収票も1枚のみ発行することになります。

なお、主たる給与支払者が変更となったことで甲欄から乙欄に変更になった場合は、甲欄で計算した期間・乙欄で計算した期間と、それぞれ源泉徴収票を2枚に分けて発行することとなります。