回答いたします。
届出を遡って実施すること自体は可能であり提出を拒否されることはありませんが、
36協定は届出をもって効力を発揮する協定のため、受理された日より前の期間については、届出書自体に期間の記載があったとしても効力がありません。そのため、未提出だった期間の時間外労働や休日労働の実施は労働基準法違反になります。
そのため、速やかに届出の提出を行っていただくのが望ましいかと存じます。