ご認識のとおり、清算期間内に定められた労働時間を超えていれば、たとえコアタイムに遅刻をしたとしても賃金控除はできません。
　不公平性を解消し、コアタイムを遵守いただく為には、減給以外のペナルティを設けることが良いでしょう。具体的には、

　① 評価に反映する
　　異動や昇格、昇給、賞与の査定の対象にする企業は多くみられます。
　② 皆勤手当を支給しない
　　遅刻扱いにすることはできませんが、自社で定めた手当の対象外とすることは可能です。
　③ フレックスタイム制の対象外にする
　　あまりにもコアタイムの遅刻が目立つ従業員がいる場合には、検討してみましょう。

　上記はあくまで一例です。他社事例を参考にしながら、自社に合ったペナルティを設定すると良いでしょう。
　また、コアタイムの遅刻に関しては貴社でペナルティを設定する事はできますが、事前に従業員の方への説明が必要です。予め就業規則に定めておくなど、従業員の方がいつでも確認できるようにしておきましょう。