まずは前提としまして、休日勤務（5時間）した日と半日振替を取得する日の週はあくまでも同一の週であるとします。
休日勤務した日の5時間勤務の内、半日（4時間）を振替出勤とし、1時間を残業としていただくことで問題ございません。

ご相談のケースは、同一週内に振替休日を取得しているのは半日（4時間）となりますので、勤務時間は週40時間を1時間超えます。よって、1時間は1.25割増にて取り扱うようお願い致します。

1時間の残業部分は1日の勤務時間で考えると5時間勤務ですので残業ではないと思われますが、
労働時間に定められております「1日に8時間、1週間に40時間」（労働基準法第32条）を超えましたら、時間外労働となりますので、御社が届け出ております36協定の範囲内にて取り扱いいただきますようお願い致します。