欠勤控除の計算式としては賃金規程を参照して計算を行うこととなりますのでご認識の通りですが、
給与計算システムへの反映については注意が必要です。
給与は各項目について「所得税の課税対象か」と「社会保険の報酬に該当するか」をそれぞれ考える必要があります。

欠勤控除で減額される金額については所得税がかからないこととなっていますので、欠勤控除の金額は「控除項目」側に反映し引くのではなく「支給項目」側に反映し、総支給額がそもそも減るようにしなければなりません。
また、その中で通勤手当については金額等にもよりますが非課税の金額が生じているのが一般的です。
その場合「欠勤控除」という1項目で55,800円を引いてしまうと、55,800円の中で課税項目と非課税項目が混ざることとなります。基本給と役職手当の減額分とは別に通勤手当調整などの非課税項目を作成し減額をしましょう。
社会保険も同じ考え方で、基本給・役職手当・通勤手当はすべて雇用保険料がかかる対象となりますので、欠勤控除で減っている分に対しては雇用保険料がかからないようになります。