一般の業種においては、2019年4月から（中小企業は2020年から）時間外労働の上限規制が適用されていますが、勤務医については5年の猶予期間が設けられていました。
2024年4月からは、勤務医にも時間外労働の上限規制が適用されることとなりますが、その内容は一般の業種とは異なる点があります。

原則の上限時間（月45時間以内・年360時間以内）は、医師についても一般の業種と同じですが、臨時的に労働させる必要がある場合には、原則として年960時間（休日労働含む）が上限となります。
ただし、医療機関が、地域医療の確保などの必要からやむを得ず、所属する医師にこれを上回る時間外・休日労働を行わせる必要がある場合は、その理由に応じて以下の水準に分類し、都道府県知事から指定を受ける必要があります。

〈指定の種類〉　〈長時間労働が必要な理由〉　　　　　　〈年の上限時間〉
　Ａ水準　　　　　原則（指定取得不要）　　　　　　　　　960時間
　Ｂ水準　　　　　救急医療等地域医療の確保のため　　　　1,860時間
　Ｃ水準　　　　　臨床・専門研修のため　　　　　　　　　1,860時間

上記の指定を受けるには、医師の労働時間短縮のための計画を作成し、評価センターによる評価を受けたうえで都道府県に申請し、指定を受ける必要があります。

まずは貴社に勤務する医師について、上限（960時間）を超える時間外・休日労働が発生しているかどうかをご確認ください。他院でも勤務がある場合には、その時間も通算して確認する必要があります。
また、そもそも医師の労働時間が適正に管理できているかも改めてご確認下さい。

詳しくは以下をご覧ください。
「医師の働き方改革　2024年4月までの手続きガイド」
https://www.mhlw.go.jp/content/10800000/001128589.pdf