まず、平均賃金の算定は下記の通りとなります。

・原則
算定事由発生日以前3ヶ月に支給された賃金総額÷その期間の暦日数にて計算します。
・最低保証額
算定事由発生日以前3ヶ月に支給された賃金総額÷その期間の労働日数×60％
（賃金締切日がある場合、直近の賃金締切日から過去3ヶ月）

今回のように直近3ヶ月に賃金支払がない場合は、欠勤開始日を算定事由発生日とみなして平均賃金を算定します。
つまり3ヶ月より前に遡って、直近で支給された賃金から過去3ヶ月分を、算定基礎となる賃金総額として扱うということになります。
欠勤のほか、休職やシフトが入っていなかった等の場合も取り扱いは同様です。

労基署によると場合によっては雇用契約上の所定日額×60％を最低保証額とすることもあるようですが、こちらはあくまで便宜上の処理であるため、通常は直近給与を用いるようにしてください。