福祉で無料となっている方への通勤手当を会社として支給しなかったとしても問題ないと考えます。

　通勤手当は元々会社側に支払義務が無いものですし、費用が発生しないのに支給するというのは他の社員とのバランスが崩れるおそれがあります(通常、規程の中では「通勤に要した実費を支給する」といったように表現されているかと存じます)。

　また、支給しなかったとしても今回の場合、合理的な説明が付きますので不利益とまではいたらないと考えます。