36協定届など労働時間の管理については勤務先の事業所ごとに行う考え方になります。
このため、人数については転籍後の貴社の新会社における36協定届に含めることになります。
特別条項のカウントについては、事業所ごとという考え方からすると事業主が変わるなどがある場合、単なる退職、入社の流れと同様に原則的にはカウントはリセットされ転籍後は0回となることが考えられます。
しかし、事業所ごとにカウントされることを逆手に取って、転籍によって上限に達したカウントをリセットするようなことが全面的に認められるとすると、残業時間を制限する法律の趣旨に反する状態となってしまうことが考えられますので、転籍の内容によってはリセットされると一概には言えない場合も考えられます。
たとえば、グループ会社間での転籍で転籍元と転籍先で人的資本的な関係があると言える場合には、回数は引き継がれると考えられます。また、転籍は基本的には転籍前の状態を転籍後も引き継ぐという会社間での異動という側面も踏まえると、会社間での転籍契約書などから管理責任を完全に免れ得ると判断しきれない転籍の内容である場合には、転籍前の会社から転籍前のカウント数を確認し、転籍後もカウント数に留意しながら勤怠、業務の管理を行っていくことが考えられます。