結論から申し上げますと、持続化給付金は課税所得となります。

経済産業省のHPにおいて「持続化給付金は課税の対象となるのか。」という問いに対し、次のように回答されております。

「税務上、益金（個人事業者の場合は、総収入金額）に算入されるものですが、損金（個人事業者の場合は必要経費）の方が多ければ、課税所得は生じず、結果的に法人税・所得税の課税対象となりません。」

回答文のみでは課税になるのかならないのか判断しにくいのでもう少し分かり易く説明しますと、持続化給付金は所得の分類としては事業所得に該当するため、所得の計算方法は以下のとおりとなります。

事業所得＝収入金額－必要経費

上記の式の、「収入金額」の部分に持続化給付金が当てはまります。
もし必要経費が持続化給付金の額を上回っていた場合は事業所得の額は0円となるため、結果として所得税の額は0円になるということを回答している訳です。

つまり、結果的に所得が0円になったとしても、持続化給付金そのものは課税となります。

また、似たものとして、休業要請に応じた中小企業などを対象にした自治体独自の協力金も課税となります。

一方で、すべての人を対象に一律10万円が支払われた特別定額給付金は非課税となっていますので混同されない様にご注意下さい。

持続化給付金の申告につきましては、単純に支給された金額を申告している可能性もございます。もし持続化給付金の申告があった場合は、きちんと所得計算がされているかどうかについてもご確認する必要があるかと存じます。

所得金額は扶養の対象になるかどうかに関わり、その結果は所得税額に反映されるので、間違いの無いようにご対応下さい。