それぞれに消滅時効があり、その範囲で不足分の納付か、還付請求となります。
ご質問のケースでは、雇用保険料を多く徴収してしまっているので、主に還付の手続きになります。

●労働保険料、社会保険料の徴収権、還付の消滅時効は2年
　労働保険料について、ご質問の場合、すでに確定保険料の精算が済んでいる平成30年度分に関して「訂正申告」をすることができます。「再確定申告理由書」に以下の書類を添付して手続きを実施することになります。なお、平成29年度分に関しては、時効により訂正はできません。
①正誤それぞれの基礎賃金集計表
②賃金台帳（該当年度分）
③雇用保険資格取得確認通知書
④訂正後の申告書
⑤還付請求書
　今回は社会保険料の修正はございませんが、もし報酬月額の算定に誤りがあれば、必要に応じて誤りが生じた以降の資格取得届・算定基礎届・月額変更届の訂正届を年金事務所に提出する必要があります。

●所得税の徴収権の消滅時効は5年、還付を受ける権利は5年で消滅
　過年度分（このケースでは平成30年、31年分）について、年末調整のやり直し、源泉徴収票の再交付、法定調書合計表等の税務署への再提出が必要になります。また、誤納額還付請求書を税務署へ提出することで、納め過ぎた源泉所得税の還付を請求することができます。
　ちなみに住民税はご本人がお住いの市区町村に対して、給与支払報告書の訂正分を提出する必要があります。