賃金台帳に関しては、支払い率が90%とのことですので、休業による支払いと通常の支払が明確に区分されている賃金台帳が必要となります。多くは「休業手当」「休業控除」といった項目を使用されている会社様が多いことと存じます。
もし、システム上で支給項目に空きがない場合は、その他手当や基本給等の項目を使用し、休業による支払いと通常の支払が計算によって区分されていることがわかれば問題ございません。その場合、使用した項目や計算過程がわかる資料を添付しても良いでしょう。
通常、使用している賃金台帳では休業による支払いが明確に区分されていることが不明確な場合もあるかもしれません。その場合は、区分されていることが明確な賃金台帳を用意し、理由書を添付することで審査を受けることができる可能性がございます。

タイムカードに関しては、審査では様式特第9号「休業実績一覧表」の休業日数や休業時間数がタイムカードと一致するかどうか判断されます。
短時間休業とのことですので、タイムカードに休業時間数が表示されない場合、日ごとに備考欄などで短時間休業が何時間あったかを示しておくと、審査がスムーズになる可能性がございます。
また、短時間休業としては、シフト開始を遅くする場合、シフト終了を早める場合、中抜け的に休業する場合と3パターンが考えられます。もし中抜け的な休業をご検討されている場合には、休業とみなされるか判断が別れる可能性があります。中抜け的な休業が必要となる理由書を作成し添付することで審査を受けることができる可能性があります。

具体的な審査基準に関しては、お近くの助成金事務センターへお問い合わせください。