労働基準法第39条に使用者は、出勤率が8割以上の労働者に有給休暇を与えなければならないと定められています。
出勤率とは全労働日分の出勤日数であり、全労働日とは就業規則等で定める所定労働日です。

同じく労働基準法第39条8項にて、実際は休んでいたものの出勤日として取り扱うことになっている期間を定めています。
以下の理由で休んだ場合は、出勤日と扱い、全労働日にも出勤日数にも含めます。
（1）業務上の負傷・疾病による休業
（2）産前産後休業
（3）育児休業・介護休業
（4）年次有給休暇

一方、平成25年7月の通達（基発0710第3号）では、全労働日の取扱いについて、労働者に責があるか否かで全労働日に算入するかしないかを判断するとしています。
私傷病による休職の場合は、労働者に責がありますので、出勤日には含まず、全労働日には含めます。

但し、休職とは労働義務を免除する制度であるため、労働義務がない期間とし労働日とは扱わないとすることは、労働者にとって有利な取扱いとなるため、問題ありません。

就業規則にどのように定められているか確認し、ご対応ください。