振替休日と代休は、似ているようですが、労働基準法上の取扱いは異なります。

振替休日は原則として就業規則に規定することが必要です。規定がない場合、原則休日を振り替えることは出来ません。
代休は就業規則に規定を置く必要はなく、会社が任意に与えることができます。

休日出勤に対して労働基準法が求めているのはあくまでも休日割増賃金の支払いですので、休日手当を支払っていれば、代休を与える義務まではありません。
但し、労働者の疲労や心身の不調など健康障害を防ぐために休日を確保し、長時間労働防止に努めることは重要です。
代休を与える義務はないといえども、代休付与を禁止する法律もありませんので、代休を与えることは差し支えありません。