給与の支払形態には月給制・日給制・時給制等があり、給与の締切日・支払日も会社によって異なります。また、貴社のように残業代を翌月支払う会社もございます。
このため、算定基礎届に記入する報酬は、4月・5月・6月に実際に支払われた報酬を記入します。

支払基礎日数は4月・5月・6月に受けた報酬の支払いの基礎となった日数を記入します。
ご質問のケースですと、4月20日に支払われた報酬は「4月基本給＋3月残業代」ですので、4月の欄にはその合計額を記入します。また、月末締めということですので、4月の支払基礎日数は4/1～4/30の30日となります。