実家に宿泊した場合、宿泊の実費は発生しないと考えられるので、通常であれば支給は不要といえます。
しかし、出張の際に内容を確認することなく（領収書の回収等）、宿泊費を必ず一定額支給する扱いとなっているのであれば、この宿泊費は宿泊に関わる実費精算ではなく、一種の出張日当に類するものであると解されます。なので、実家に宿泊したとしても宿泊費を支給されるのが妥当と思われます。

仮に出張旅費規程等に出張費支給要件等の詳細な記載がないのであれば、規定に不備がございますのでこれを機会に宿泊費は実費精算とする方向で規定を整備される事をお勧めいたします。少なくとも社員の利便性や公平性が保証できるよう、想定されるケースへの対応をお進め下さい。