御社での無期契約社員・有期契約社員の業務内容やその他の情報を把握できていないため、細かい部分については回答できませんが、基本的には同一労働同一賃金における報酬の水準に関する考え方と同様になります。

勤務地の異動の可能性の有無、業務の危険度の差、業務に関する責任の有無等、担当している職務以外の面における各社員への「将来に対する期待」が異なっていることが認識できる場合については、それが差を設ける根拠である、つまり待遇の差異が許容できるものと判断されることになります。

そのため、職務内容・配置転換や勤務場所変更の有無等の雇用条件に関する明確な差がなく、雇用契約期間のみが御社での無期契約社員・有期契約社員の差となっている場合は、有給休暇の付与日が異なることは不合理な差とみなされます。