フレックスタイム制でも休日労働に係る規定は適用されますので、以下のように取り扱うこととなります。

①法定休日労働の場合
休日労働時間について割増賃金が発生しますので、通常の労働時間と休日労働時間とを分けて集計する必要がございます。

なお、割増賃金の計算においては、休日労働を含めた実労働時間が、1ヶ月の総労働時間として定められた時間を超えているか否かで異なります。
休日労働を含めても総労働時間内に収まる場合、通常の賃金において既に休日労働時間の100%分が支払われていることになりますので、割増賃金は0.35倍の支払のみでよいこととなります。
総労働時間を超える場合は、超過分の休日労働時間について通常通り1.35倍の割増賃金支払が必要となります。

②法定外休日労働の場合
通常の労働時間と合わせて集計し、総労働時間を超えた時間分について、1.25倍の割増賃金を支払うこととなります。