労働保険の適用単位は、経営上一体をなす支店、営業所、工場等を統合した企業体を指すものではなく、個々の本社、支店、工場のように経営組織のもとに独立性をもった経営体をいいます。この独立性がないものについては、継続事業一括の手続きを行うことなく直近上位の機構（今回の場合の本社）と一括して、一つの事業として取り扱うことができるので、労働保険料の申告・納付だけでなく、労災請求等も直近上位の機構を管轄する労働基準監督署にまとめて行うことが出来ます。

この独立性とは、労働保険料率表による「事業の種類」が同じであることを前提として、一般的には（A）　場所的に他の事業所から独立していること（B）　組織的関連ないし事務能力、すなわち人事、経営経理または業務上の指導監督、労働の態様等においてある程度の独立性を有していること（C）　一定期間継続し施設としての持続性を有していること。
このような条件を勘案して、事業の独立性は判断されます。

質問の内容からは（A)の立地的条件は満たしていると思われます。（C）についても条件は満たしているかと思いますが、（B）については管理業務を本社で行っているだけでは条件を満たさない可能性があります。複数名が勤務される場合、その施設に「店長」または「施設長」といった業務上の指揮命令権を有する方がいる場合独立性がないとは認められない可能性があります。