フレックスタイム制ではコアタイムに遅刻・早退・欠勤の時間があっても、１ヶ月の総労働時間を満たしている限り、賃金控除をすることは出来ませんが、就業規則の制裁規定に「正当な理由なくコアタイムに遅刻・早退・欠勤してはならない」と定め、それに基づいた減給処分を行うことは可能です。

フレックスタイム制は、社員に始業・終業時刻を自主的に決めさせる制度であるため、1ヶ月に何時間と設定した総労働時間を満たしている限り、コアタイムに遅刻・早退・欠勤があっても、その時間分の賃金を控除することはできません。
規程に減給制裁規定部分に定めがないようであれば、ご質問の内容での控除は出来ないということになります。

コアタイムを設けても総労働時間さえ満たしていれば、出社も退社も自由ということになってしまいますから、労働日の出勤義務が無視される形になってしまいます。
その結果、社員に出勤して欲しい時間帯に遅刻や早退等が発生し、社内の規律や秩序が乱れる恐れはありますので①就業規則の制裁規定に、コアタイムに遅刻又は早退した場合は減給処分の規程を定める②賞与において遅刻・早退、欠勤の勤務査定を反映させるなどの対策をご検討いただき、コアタイムの勤務を促すようにされてみてはいかがでしょうか。