36協定において、特定の業種・業務については時間外労働の限度基準が適用されず、労使間の合意があれば何時間でも協定することが可能です（法定労働時間である1日8時間、週40時間は適用されます）。
「新技術・新商品等の研究開発業務」は適用除外とされる業務ですので、適用除外とする協定自体を届け出ること自体は特にリスクは無いと考えます。

もちろん、適用除外とする業務内容が実際に「新技術・新商品等の研究開発業務」である必要があります。実態が届出内容と異なり規制逃れとなっている悪質なケースもありますので、適用除外を検討する業務内容についてはきちんと精査される必要がございます。

ご質問にもあります厚生労働省からの指針では、限度時間が適用除外されている「新技術・新商品等の研究開発業務」について、限度時間を勘案することが望ましいことに留意しなければならないこと、月45時間・年360時間を超えて労働を行う場合には、限度時間を超えて労働させる労働者の健康・福祉を確保するための措置を協定するよう努めなければならないことも謳われています。
この方針も踏まえて労働時間管理、健康管理を行っていただき、恒常的な長時間労働とならないよう、増員も含め検討される必要があると考えます。