ご質問の件、ご回答いたします。


労使協定の締結をしなくとも給与天引きできるケースといたしましては、
〇税金（所得税・住民税）
〇社会保険料
〇雇用保険料
となっております。
上記以外の費用を給与天引きされる場合には事前に労使協定を締結する必要がございます。

ご質問のケースですと、給与天引きすることを伝えただけでは同意したことにはなりませんので
事前に労使協定を締結した上で給与天引きを行うかたちとなります。