労働基準法の第三十九条には有給休暇の賃金の支払いについて、3つ定められていますのでご参照ください。

1.平均賃金を支給する。
2.所定労働時間労働した場合に支払われる通常の賃金を支給する。
3.健康保険の標準報酬月額の三十分の一に相当する金額を支給する。（労使協定要）

ご認識の計算方法は2番目にあたります。
有給休暇を取得した日の所定労働時間分の賃金が支給されることは、取得された方にとっては分かりやすい計算方法ではないでしょうか。

ただし、日によって支給額が変わることで有給休暇の取得が賃金の高い日に集中する、給与計算が行いづらい等、御社の環境によって運用が難しい場合があるかもしれませんので、その場合は平均賃金を使用するなど、御社にあった計算方法をご検討下さい。

いずれにしても、計算方法が人によって変わることのないよう就業規則や給与規程に定めておきましょう。