新たに従業員代表の選出が必要です。
過去に締結した協定などは、締結した時点で従業員代表が在籍していれば、その後当該社員が退職したとしても協定の効力は続きます。これは、従業員が退職した場合だけでなく、従業員代表になれない管理監督者に就任した場合も同様です。

意見書の作成が必要になった時点で、従業員代表が不在であることが発覚し、新たに従業員代表を選出することに時間がかかり、期限付きの協定の提出が遅れてしまう事例もありますので、予め従業員代表者が退職もしくは管理監督者に就任することがわかった時点で、新らしい従業員代表を選出するようにしておくとスムーズかと思われます。