自社商品の現物給付であっても従業員に支給するものですので源泉所得税の課税処理をしなければなりあません。
その際に、どこを基準として課税するかにつきましては、所得税基本通達36-39により通常の販売価額を基準に課税するとされています。

所得税基本通達36-39については以下の通りです。
36-39　使用者が役員又は使用人に対して支給する商品、製品等(有価証券及び食事を除く。)の物については、その支給時における次に掲げる価額により評価する。
(1)　当該物が使用者において通常他に販売するものである場合には、当該使用者の通常の販売価額
(2)　当該物が使用者において通常他に販売するものでない場合には、当該物の通常売買される価額。ただし、当該物が、役員又は使用人に支給するため使用者が購入したものであり、かつ、その購入時からその支給時までの間にその価額にさして変動がないものであるときは、その購入価額によることができる。

国税庁URL
https://www.nta.go.jp/law/zeiho-kaishaku/tsutatsu/kihon/shotoku/05/04.htm

以上です。
所得税法の事になりますので、顧問税理士等にもご確認いただくことをお勧めいたします。