有給休暇について、労働基準法第39条第9項には「所定労働時間労働した場合に支払われる通常の賃金」と記載があります。
育児時短勤務は法律上、「所定労働時間の短縮措置」ですので、本来8時間である所定労働時間を育児している一定期間、ご本人が希望することで、例えば6時間に短くしようというものです。
したがって、今回ご相談の件については、所定労働時間を6時間とされているので有給休暇の賃金も6時間分にされるのが当然の措置といえます。