・短縮勤務の決定につき、母性健康カードをご本人に提出いただくことと、会社が短縮勤務の通知を出すまでの流れについては、問題ないものと存じます。後段の手続の形式については、まず会社の規則においてどのように定められているのか、母性健康管理の措置にかかる手続をどのように規定しているかを確認し、定めがある場合はそれに則った形式で対応することとなります。
なお、事業主が講じなければならない措置（男女雇用機会均等法第13条）については、厚生労働省の就業規則例やパンフレット等において「本人の申出がある場合に、医師等の指導に基づいて」行われることが想定されている通り、本人申出に対応する形式が一般的と見受けられますが、母性健康カードの指導に基づく対応である限り、許可と指示のどちらの形式であっても問題は生じないものと存じます。

・今回の休業につき、労働基準法65条の産前産後休暇の期間外と存じますが、法律上での出勤率の扱いの定めはございません。所定労働日数・出勤日数への集計は会社毎の決めによるため、法律上は出勤／欠勤／集計から除外とするいずれの扱いも可能です。就業規則や協定、過去の休業者の扱いをご確認いただき、他の休業事由や他従業員と比べた際に不利な扱いとならないよう、配慮いただく扱いが望ましいと存じます。短縮勤務期間についてはご認識の通り、所定労働日数と出勤日数それぞれへ集計する扱いとなります。

・母性健康管理カードの医師等の指導に基づき事業主が講じる措置について、休業や勤務時間の短縮のほか、通勤緩和、休憩時間・回数の増加、作業の制限等の措置が必要となる場合があります。また、母性管理措置を受けた労働者の取り扱いにつき、人事考課や賞与算定等において不利益な取り扱いをしないこと等が求められます。