実際に賃金を支払うか否かの判断基準としては、会社毎の労使間の取決めに従うこととなります。まず、会社様の労使協議の記録等や内規等をご確認いただき、該当の取決めが無ければ、前例に倣って処理をするか、今回の処理方法をルールとして定め以降同様に対応する、との運用が差し支えないかと存じます。

厚生労働省の通達においては、定期健康診断の受診に要した時間の負担については、「当然には事業者の負担すべきものではなく労使協議して定めるべきもの」とされており、法律上の定めはございませんが、事業主が「受診に要した時間の賃金を支払うことが望ましい」旨、見解を示しています。（労働省通達：昭和47年9月18日基発第602号）

受診時間分の賃金を支払わなくとも法律上直ちに問題となることはありませんが、厚生労働省の通達を踏まえた上で、会社と従業員の納得できる妥協点を確認し、ルール化しておく対応が有用であると存じます。