回答いたします。

休憩時間を私用に利用することにつきましては、法令上からも問題はございませんが
休憩時間終了後の私用につきましては、その分を賃金控除等をしても特に問題ございませんし、
上記のような場合で、控除等は行わず賃金はそのままとされても問題ございません。

休憩時間を打刻するような運用にされている場合であれば、上記のようなケースでも判断が
容易に出来るかと思いますが、出退勤のみを打刻しているような場合には、判断が難しいといった
ことになると思います。
中抜け等の私用外出については、会社としてどう判断するのか、ルール等をきちんとしておく必要が
あるかと思います。今後のこともございますので社内ルールや服務規律等の整備をされてはいかがで
しょうか。