フレックスタイム制は、1日の労働時間の長さを固定的に定めないかわりに、1か月以内の一定の期間の総労働時間を定めておき、その総労働時間の範囲で各労働日の労働時間を自分で決められる制度です。

フレックスタイム制を適用している場合の時間外労働の考え方は、1日・1週単位では判断せず、あらかじめ労使協定で定めた清算期間における法定労働時間の総枠を超えた時間となります。
従って、ご質問のケースは残業として扱う必要はございません。

労使協定の内容の記載がございませんので明確には分かりかねますが、労使協定で標準となる1日の労働時間を7時間30分と定めていたとしても、それはあくまで年次有給休暇を取得した場合の賃金の計算を明確にするためのものであって、1日7時間30分勤務しなくてはならないという訳ではございません。
1時間後ろに勤務をずらすという考え方はフレックスタイム制の趣旨とは少々異なるように思われます。