ご認識のとおり、
フレックスタイム制のもとでは、労働者は始業および終業時刻を自ら決定することができます
（フレキシブルタイムが置かれる場合は、その時間帯の中で決定する必要があります)。

例えば、使用者は、コアタイムの範囲外で開かれる会議への出席、あるいはコアタイム以外の時間帯における就労が予定される出張などを命ずるには、
労働者の個別的同意を得なければなりません

また、労働者にシフト表を作成させる場合も、それはあくまで予定に留まり、上司の承認や許可を条件とすることはできません。

このため、今回の場合には、前日までに上長へ出社時間についての申請（連絡程度）は、担当されている業務についての必要性と鑑み許容範囲と考えますが、
承認となりますと、やはり始業および終業時刻を労働者に委ねているとは言えず、フレックスタイム制が運用出来ているとは言えません。