「昭和63.3.14基発150号」の通達により、「割増賃金計算における端数処理」について、
(1)1ヶ月における時間外労働、休日労働及び深夜業の各々の時間数の合計に１時間未満の端数がある場合に、30分未満の端数を切捨て、それ以上を1時間に切り上げること。
とされておりますので、御社の規定としては違法ではありません。
これは事務処理の簡素化を目的とすると同時に、常に労働者の不利に働くものではない為、違法ではないとされています。
その点に関しまして御社の運用としては、実際には30分刻み(嘱託、パートでは5分刻み)での支給ということですので規程との整合性もなく、社員の方にとって不利に働く可能性もありますため見直しが必要と言えます。