ご相談の内容につきまして、職能資格制度から何を基準にした等級制度に変更されるかが不明確ですが、新たに等級定義を行うに当たり、定義の中心となる考え方（等級の切り口、基準）と現行の職能資格制度との共通点を見つけ出し、等級の仮格付けにより、まずは対応することが良いです。
そして、可能な限り新等級の適用による本運用までの期間をとり、新等級による運用（いわゆるテスト運用）により評価結果等を踏まえた上で新等級への移行したほうが社員の方々への混乱等も軽減できると考えます。
その上で賃金の移行を行うようにしたらいかがでしょうか。

移行時による減額等があるようであれば、減額等による社員の方の生活への影響やインパクトを十分考慮して、段階的に行うべきと考えます。
その場合であっても評価結果等により改定される賃金が、減額幅より多くなれば、本人の努力次第によっては、減額されず、また、結果によっては、上回ることもあり得ますので、そのような措置をとっていくことも方法の一つとしてあります。
急激な減額だけは、当然、不利益変更ということになりますので、避けなければなりません。

減額を緩和する措置、または、代償措置は人事制度とともに他の人事施策の中でトータルで対応することも十分可能であります。
そのような措置案をもとに社員の方々への説明・周知を行っていくことが会社の社員に対する考えや姿勢を示すこととなり、その後の労使の関係を良好に保つことにも繋がりますので、以上のことを十分考慮して進めて頂ければと良いと考えます。