労働時間の延長は、従業員の労働条件を引き下げる内容のため、不利益変更にあたります。
就業規則の変更による労働条件の引き下げは原則認められませんが、変更後の就業規則に合理性があり、また、労働者へ周知されている場合には、変更に反対の労働者にも変更の効力が及び、労働条件の引き下げが認められます。
今回の場合は、1つめの時間変更の影響、2つめの賃金増額の措置、ほか、変更の必要性の高さ・労使の交渉の経緯等の要素を総合し、「合理性のある」不利益変更であると判断される場合に、労働条件の変更が効力を持ち得ます。

ご質問中の、賃金面の対応や、変更の理由等を見る限りは、ある程度の合理性があるように見受けますが、労働時間の負担の増える不利益変更ではあるため、労働者への説明や対応を慎重に進められることをお勧め致します。