ご質問の件回答いたします。
今回、労使間合意の運びとなった、政府が目指す「残業時間の上限規制」の内容については以下の通りです。

・36協定を締結することを前提に、原則的上限は「月45時間、年360時間」
・繁忙期などの特例として、年間の上限を「720時間」とすることができる
・繁忙期などの特例として、月45時間を超えることができるのは年6か月まで
・とくに忙しい時期の上限は「２～６カ月の平均でいずれも月８０時間」が上限
・「きわめて忙しい１カ月」の上限は「１００時間未満」

以上のように、100時間未満とされたのは、「きわめて忙しい１カ月」の上限となりますので、３６協定の特別条項を定める際の「従来の限度時間（月45時間）を超える一定の時間」に相当するものとなると考えられます。
これまで、特別条項を定めた場合には、上限なく時間を定めることができたところが、上限を100時間未満と規制されることになります。
また、毎月100時間未満まで残業させることができるというものでは決してなく、上述のとおり規制がありますので注意が必要です。

法定休日の労働時間については、36協定の時間外労働には含めずに休日労働として考えることになります。
従いまして、時間外労働時間には含まれないことになります。

今回合意となりました内容については、今後正式に厚生労働省より発表があると思いますので、具体的なことについては、そちらをご確認ください。