今回のご質問内容は産前休暇（出産日もしくは出産予定日前42日）期間のうち、何日間かを年次有給休暇とし、残りを無給の休暇としたため、その取り扱いに悩まれているのではないかと推察いたしました。

労働基準法で産前休暇は産前6週間（42日）と期間は定められているものの、給与についての定めはありません。
したがって、有給でも無給でも構いません。就業規則に定めがある場合はそれに従います。
また、産前休暇は労働者より請求があった場合に与える休暇ですので、必ずしも42日間与えなくてはならないものではありません。

いつの時点を産前休暇の開始日とするかは、就業規則に定めがある場合はその通りに、有給・無給の定めがなければ、労働者がいつから産前休暇を請求したかで判断されるのがよろしいのではないでしょうか。

社会保険料の免除は休暇の有給・無給を問わず、休暇開始日を含む月より免除となります。
有給を使って休暇を取得し始めた日と無給の休暇の初日が同じ月であればあまり問題にならないと思われますが、月をまたぐ場合は免除開始月が変わってきますので、労働者本人といつを産前休暇の開始日とするか、よく話し合いをされることをおすすめします。

ご質問にはございませんが、出産手当金は出産日もしくは出産予定日前42日より給与の支払いがなかった期間に支給されます。
有給取得開始日を産前休暇の初日としたとしても、有給を取得した日については支給されませんので注意が必要です。

上記より、今後産前休暇を取得される労働者には、産前42日よりも以前から休暇取得を希望する際には年次有給休暇を取得してもらい、産前42日からは無給の休暇とされてみてはいかがでしょうか。