１：
源泉所得税の対象となる給与所得には該当致しません。
したがって、誤って課税することのないよう非課税項目または控除項目を使用して返金する必要がございます。
「他支給」等の非課税の支給項目があればそちらを使用することも可能です。
しかし、生命保険料の控除に使用している項目へ、誤って控除してしまった金額をマイナスの値で入れると、非課税で処理することもでき、後々賃金台帳等の資料を見た際にどの項目について調整を行ったのかが明確にわかりますので、望ましい処理かと存じます。

２：
税法上、下記については非課税対象として定められていますので、今後の処理の際にご留意下さい。
・社会保険料（健康保険・厚生年金・厚生年金基金・雇用保険の保険料）
・所得税・住民税。
・通勤手当。
・民間の保険の保険料の一部分。
・出張などの旅費、宿泊費。
・宿日直料の一部。

※通勤手当については、公共交通機関での通勤の場合は、最も経済的かつ合理的な経路及び方法による通勤手当や通勤定期券などの金額が、1か月当たり10万円を超える場合には、10万円が非課税の限度額となります。
一方、マイカーなどで通勤している場合は、片道の通勤距離（通勤経路に沿った長さです。）に応じて非課税となる限度額が定められています。
宿日直料は、1回の宿日直につき支給される金額のうち、4千円が非課税となります。