結論から申し上げますと、給与を二か所に分けて振り込むこと自体は問題ありませんが、社員本人以外に賃金を支払うことは労働基準法第24条1項に定められている「直接払いの原則」に違反することとなります。

「直接払いの原則」とは、賃金は労働者に直接支払わなければならないというものです。
ゆえに社員の親権者その他の法定代理人に支払うこと、労働者の委任を受けた任意代理人に支払うことはいずれも、本条違反となり、労働者が第三者に賃金受領権を与えようとする委任・代理等の法律行為はいずれも無効となります。
しかし、本人に支払うと同一の効果を持つ「使者」へ支払うことは差し支えないとされています。

また、労働基準法24条には「直接払いの原則」を含めた以下のルールが定められています。

1) 通貨払の原則
2) 直接払いの原則
3) 全額払いの原則
4) 毎月1回以上の原則
5) 一定期日払いの原則

これらに違反した場合、30万円以下の罰金を支払うことになりますので（労働基準法120条）、注意しましょう。